A cidade precisa de heróis. A escuridão tomou conta de Nova York depois que Destruidor e seu clã maligno dominou tudo com pulso de aço: da polícia aos políticos. O futuro era incerto até que quatro irmãos marginalizados surgem do esgoto e descobrem um novo destino como Tartarugas Ninja.

As Tartarugas precisam trabalhar com a destemida repórter April O' Neil (Megan Fox) e seu operador de câmera sagaz Vern Fenwick (Will Arnettt) para salvar a cidade e desvendar o plano diabólico do Destruidor.